日中にツイートしてしまったのですが、バグでもなんでもなく、あるべき場所にあるものを捨てないように気をつけましょうという話でした。
仮にCS6ですが、
Win：
C:\Program Files (x86)\Adobe\Adobe InDesign CS6\Required\fonts
Mac（CC2014まで）：
/Applications/Adobe InDesign CS6/Adobe InDesign CS6.app/Contents/MacOS/Required/fonts
Mac（CC2015以降）：
/Applications/Adobe InDesign CC 2015/Resources/Required/fonts/KentenGeneric.otf
【2020.10.22 追記】CC2015以降、「パッケージの内容を表示」せずとも操作できる場所に置かれるようになりました。
ここにある「KentenGeneric.otf」というフォントを削除してしまうと、圏点が数字に置き換わります（下図参照）。
このフォントがなくてもInDesignは警告無くドキュメントを開きますし、仮にドキュメントを開いている最中にこのフォントを削除した場合でも警告が出ません。
余談ですが、ひとつ新しいことを知りました。
圏点は見た目が記号のようですが、その中身（文字コード的に）は数字でした。PDFで全文検索する場合等で利用することができますので、お試しください。
「Required」なんていう大それた名前を冠しているフォルダの中身を捨てるなんて言語道断ですよ。皆さまもお気をつけください…。
