新しいAdobe Community Forumがマジで使いにくいのですが、こんなスレッドを見つけたので速報的に共有です。
手元で試した限り、CC2015以降、2021までの全バージョンで再現します。
（2020年10月時点）
要するに、ヘッダーをグラフィックセルに設定した表がページをまたいだとき、泣き別れた2つめ以降のヘッダーが表示されなくなる、ということみたいです。
過去にあった「コピーするとヘッダー・フッターが消えちゃうやつ」とはまた別です。
何か状況が分かり次第追記していきます。
何も状況が変わらないのでUser Voiceに投稿したわ……
Table graphic cell header disappear when exporting to pdf – Adobe InDesign
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